Основной проблемой, с которой сталкиваются предприятия в процессе формирования ССП или в начале ее эксплуатации, оказывается полное непонимание того, какими должны быть целевые  значения, составляющие неотъемлемую часть ССП. Если компания стремится к тому, чтобы повысить какие-либо показатели (например, степень удовлетворенности своих сотрудников и клиентов), то ее руководству должно быть предельно ясно, до какого именно уровня оно готово их повышать. Если раньше не было системы учета этих показателей, то, соответственно, полностью отсутствует и история сбора информации по ним, а восстановить эту информацию практически невозможно.

Даже если в какой-то момент создать и внедрить способ оценки удовлетворенности клиентов с помощью анкет, то все равно за информацией придется обращаться к тем клиентам, которых обслужили уже давно (может быть, месяц, или даже год тому назад), а  эта задача сама по себе связана со многими трудностями. Ведь даже если прошлые клиенты согласятся (а это еще не факт!) задним числом заполнить анкету, то все полученные данные неизбежно будут искажены.

Это означает, что фактически создание ССП  и первое время ее внедрения (обычно это один квартал, полгода или год) предполагает последовательное проведение следующих мероприятий: компания начинает с анализа  существующих тенденций (например, улучшение или ухудшение лояльности клиентов) и только потом устанавливает некоторые целевые значения, которые необходимо достичь в установленный срок.

В связи с этим часто обсуждается одна интересная идея, а именно: поскольку в настоящее время на высоком уровне разработана система анализа предприятия по его финансовым показателям, то можно создать финансово-экономическую модель предприятия на базе ведущих финансовых показателей с включением некоторых основных  экономических показателей (количество произведенных изделий, основные затраты, связанные с закупкой моделей и пр.). При этом в предполагаемой модели могут существовать нормальные причинно-следственные связи. Так, например, мы можем рассчитать, какие денежные средства необходимы для увеличения объема продаж и до какого предела можно увеличить объем закупок тех или иных изделий, если мы собираемся увеличить объем реализации.

При этом нельзя забывать, что существенную часть ССП составляют так называемые нефинансовые показатели, т.е. показатели, измеряющие достижение нефинансовых целей. В этом случае практически невозможно построить функцию, отображающую прямую  зависимость между двумя группами параметров и выяснить, в какой степени улучшение уровня профессиональной подготовки сотрудников и улучшение лояльности клиентов  может повлиять на основную финансовую цель компании (например, на увеличение стоимости компании). Это невозможно по двум причинам: во-первых, мы только предполагаем существование такой  взаимосвязи или зависимости, а во-вторых, средний срок жизни компании не так велик, чтобы собрать исторические данные и выстроить какие-то нормативы. Поэтому зачастую приходится отслеживать эти взаимосвязи на интуитивном уровне.

С точки зрения некоторых пользователей ССП невозможность такой чисто математической  формализации  является ее слабым местом. Но сам предмет, с которым имеет дело ССП, по своей сути не  поддается сугубо математической формализации и не раскладывается на простые линейные уравнения с ясным и однозначным смыслом.